您可以按照以下格式和内容撰写要求司法部门处理祖墓被侵害案件的申请书：

一. 标题与基本信息

• 标题：关于要求处理XX县XX屯李氏祖墓被侵害案件的申请书
• 申请人信息：列明申请人的姓名、身份证号、联系方式等基本信息，如有多名申请人，则分别列明。
• 被申请人信息：明确侵害祖墓的村民的姓名、身份证号（如知晓）、联系方式（如可知）等。

二. 案件事实与经过

1. 祖墓情况：详细说明祖墓的历史、位置、文化价值以及被认定为县级文物重点保护单位的情况（尽管后续调查可能显示其并未列为县级文物保护单位，但可提及家族对此的认知与保护情况）。
2. 侵害行为：具体描述侵害行为发生的时间、地点、方式，以及造成的损害后果，如村民使用勾机破坏墓葬、整平修路等。
3. 前期处理：简述已向相关部门反映的情况及回复内容，包括县文物管理所、文化综合执法大队的现场调查及后续处理措施。

三. 法律依据与请求

1. 法律依据：

    - 引用《文物保护法》的相关规定，强调古文化遗址、古墓葬受国家保护，任何破坏行为均构成犯罪，应依法追究刑事责任。
    - 引用《刑法》第三百二十四条第二款，关于故意损毁国家保护的名胜古迹，情节严重的，应处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的规定。
    - 提及《关于办理妨害文物管理等刑事案件适用法律若干问题的解释》中关于“国家保护的名胜古迹”及“古文化遗址、古墓葬”的认定标准。
   

2. 具体请求：

    - 请求司法部门对侵害祖墓的村民进行立案调查，并根据调查结果依法追究其刑事责任。
    - 要求司法部门监督相关部门对被破坏的祖墓进行修复，恢复其原貌。
    - 请求司法部门在案件处理过程中，保障申请人的合法权益，及时告知案件进展。
   

四. 结尾与附件

• 结尾部分可表达申请人对司法部门的信任与期待，希望案件能够得到公正处理。
• 附上相关证据材料，如现场照片、家族成员身份证明、前期处理的相关文件等。

例如：

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关于要求处理上思县布透加达屯李氏祖墓被侵害案件的申请书

申请人：李崇生（及李氏家族其他成员）

被申请人：黄开色

……（此处省略具体信息，按上述格式填写）

根据《文物保护法》、《刑法》及相关司法解释的规定，我们恳请司法部门对黄开色破坏李氏祖墓的行为进行立案调查，并依法追究其刑事责任。同时，我们请求司法部门监督相关部门对被破坏的祖墓进行修复，恢复其原貌。我们期待司法部门能够公正处理此案，保障我们的合法权益。

此致

XX县司法局（或具体负责处理此类案件的部门）

申请人：李崇生（及李氏家族其他成员）

日期：XXXX年XX月XX日

附件：1. 现场照片

   2. 家族成员身份证明
   3. 前期处理的相关文件

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我建议您在撰写申请书时，务必保持客观、准确，并尽可能提供充分的证据材料以支持您的请求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。