与公司员工签订租车协议后，需要申报的内容可能会因地区和公司具体情况有所不同，但一般来说，如果公司是以汽车租赁为主营业务或者涉及汽车租赁业务，那么可能需要按照相关规定进行备案或申报。以下是一些可能需要进行的申报步骤和注意事项：
一、确认是否需要备案
首先，你需要确认你所在的地区是否对汽车租赁业务有备案要求。不同地区的规定可能不同，有的地方可能要求汽车租赁企业在取得工商营业执照和租赁车辆登记证后一定时间内进行备案。
二、准备申报材料
如果确定需要备案，那么你需要准备一系列申报材料。这些材料可能包括但不限于：
营业执照：提供公司的工商营业执照副本及复印件，确保营业执照经营范围中包含“汽车租赁”项目。
税务登记证：提供税务登记证副本复印件。
车辆信息：提供租赁车辆的登记证、行驶证、车辆技术和类型等级评定证明等复印件。如果是自有车辆，还需确保车辆登记证、行驶证所有人与营业执照名称一致。
经营场所证明：提供经营和办公场所的产权证明或租赁证明原件及复印件。如果是租用场所，应签订一年以上合法有效的租赁合同。
管理制度：提供汽车租赁服务流程、车辆技术与安全、财务等各项管理制度规章文本。
其他材料：根据当地运输管理机构的要求，可能还需要提供其他相关材料，如《汽车租赁经营开业备案表》、《汽车租赁车辆备案表》等。
三、提交申报材料
将准备好的申报材料提交给当地县级道路运输管理机构或相关政府部门进行备案。提交方式可能是线上提交或线下窗口提交，具体以当地规定为准。
四、等待审核与备案通知
提交申报材料后，等待相关部门的审核。审核通过后，你将获得备案通知书或其他相关证明文件，这标志着你的汽车租赁业务已经完成了备案手续。
五、注意事项
了解当地规定：不同地区的备案要求和流程可能不同，务必先了解清楚当地的具体规定。
及时申报：确保在规定的时限内完成备案申报，以免因逾期而面临处罚或影响业务开展。
保持材料真实有效：提供的申报材料必须真实有效，否则可能会影响备案的通过或导致后续的法律问题。
综上所述，与公司员工签订租车协议后，如果涉及汽车租赁业务且当地有备案要求，你需要按照相关规定进行备案申报。务必确保提供的材料真实有效，并密切关注备案进度和结果。