针对“破产财产被权利人占有怎么办”这一问题，以下提供清晰、详细且有深度的解答：
一、明确问题背景与法律依据
在破产程序中，若破产财产被他人（包括权利人）非法占用或未依法移交管理人，将严重影响债权人利益及破产程序的正常推进。根据《中华人民共和国企业破产法》及相关司法解释，管理人有权采取多种法律手段追回被占用的破产财产。
- 《企业破产法》第三十六条：债务人的董事、监事和高级管理人员利用职权从企业获取的非正常收入和侵占的企业财产，管理人应当追回。
- 《企业破产法》第三十四条：因本法第三十一条、第三十二条或者第三十三条规定的行为而取得的债务人的财产，管理人有权追回。
- 同时，《民法典》的物权编与侵权责任编也支持管理人基于物权请求权或侵权损害赔偿请求权要求无权占有人返还原物或赔偿损失。
二、处理程序与步骤
调查取证阶段：
- 管理人需核查财产权属证明、租赁合同、财务记录等文件，确认占用事实及责任主体。
- 通过审计、调查等手段，收集证据，为后续的协商或法律行动做准备。
协商与催告：
- 向占用人（包括权利人）发送书面通知，要求其限期返还财产或说明合法占有依据。
- 尝试通过协商方式解决占用问题，减少不必要的法律纠纷。
法律行动：
- 若占用人拒不返还，管理人可提起民事诉讼，要求确认财产权属并返还财产，或要求赔偿损失。
- 在某些情况下，如涉嫌职务侵占、挪用资金等犯罪，可移送公安机关进行刑事追责。
- 胜诉后，可申请强制执行，如冻结账户、查封财产等，以确保判决得到履行。
特殊情形处理：
- 若财产已转让给不知情的第三方并完成交付，可能涉及善意第三人的保护问题。此时，管理人可通过撤销权诉讼等间接救济方式处理。
- 对于共有财产，需与其他权利人协商或通过诉讼确定份额后处置。
三、注意事项与风险防控
- 时效限制：管理人需注意撤销权等权利的行使期限，确保在法定期限内采取行动。
- 证据保全：对易灭失的证据提前进行固定和保全，以确保在诉讼或协商中有足够的证据支持。
- 社会稳定风险：若占用问题涉及职工、居民等敏感群体，需谨慎处理，防止引发群体性事件。
- 费用承担：追回成本（如诉讼费、评估费等）应优先从追回财产中列支，不足部分由债务人财产补足。
四、典型案例与启示
以A公司破产清算案为例，管理人通过调取证据、提起诉讼等程序，成功追回了被B公司长期占用的土地，并将土地拍卖价款纳入破产财产分配，提升了清偿率。该案例启示我们，管理人应秉持“依法、高效、公平”原则，综合运用民事、行政、刑事手段维护债权人权益。
五、结论与建议
综上所述，破产财产被权利人占有时，管理人应依法采取调查取证、协商催告、法律行动等程序进行追回。在处理过程中，需注意时效限制、证据保全、社会稳定风险及费用承担等问题。同时，通过典型案例的启示，我们可以看到依法、高效、公平的处理方式对于维护债权人权益和保障破产程序顺利推进的重要性。因此，建议管理人在处理破产财产被占用问题时，应综合运用各种法律手段，确保破产程序的顺利进行和债权人利益的最大化。