申请非法证据排除后的流程主要遵循以下步骤，这些步骤旨在确保司法公正，防止非法证据影响案件的公正裁决：

一、启动程序

非法证据排除程序可以由当事人提出申请来启动，也可以由法院依职权开启。当事人需要提供关于涉嫌非法取证的线索或者材料，作为程序推进的依据。

二、庭前会议

1. 召开会议：法院受理申请后，会召开庭前会议，针对非法证据排除等相关问题，充分了解情况，并认真听取控辩双方的意见，为后续审理做好准备。
2. 调查核实：在庭前会议中，法院可能会对当事人提供的线索或材料进行初步的调查核实，以评估其是否足以支持非法证据排除的申请。

三、庭审阶段

1. 审查申请：进入庭审阶段，当当事人正式提出排除非法证据的申请后，法庭会展开详细的审查工作。
2. 控方证明：此时，控方（通常是检察机关或侦查机关）需要对证据收集的合法性进行证明，以说明证据的来源是合法合规的。这可能包括出示讯问笔录、提讯登记、体检记录等相关证据材料。
3. 质证与辩论：公诉人、被告人及其辩护人可以就证据收集的合法性进行质证和辩论，以确保审查的公正性和全面性。

四、决定与排除

1. 排除决定：经过调查，如果法庭确认或者不能排除存在通过非法方法收集证据的情形，那么相关证据将会被予以排除，不得作为定案的根据。
2. 证据保留：被排除的非法证据应当随案移送，并明确标注为“依法排除的证据”，以确保审判的透明性和公正性。

五、后续处理

1. 证据不足的处理：如果经过非法证据排除后，案件证据不足，不符合起诉或逮捕条件的，检察机关或法院将依法作出不起诉或不予逮捕的决定。
2. 抗诉与复审：如果当事人对一审法院关于证据收集合法性的审查结论有异议，并在二审中提出抗诉，二审法院将对此进行审查。同时，审判监督程序、死刑复核程序中对证据收集合法性的审查也参照上述规定进行。

综上所述，申请非法证据排除后的流程是一个严谨而细致的过程，涉及多个环节和多方参与者的配合与协作。这一流程的目的是为了保障司法公正，确保案件的公正裁决不受非法证据的影响。