小产权房因其特殊性质，在申请保全时确实存在一定的复杂性和困难。以下是对您问题的详细解答：

一、小产权房能否申请保全？

答案是可以，但需视具体情况而定。小产权房虽然没有合法产权证书，但在某些情况下，如果满足保全条件，仍然可以向法院申请保全。法院会综合考量案件的具体情况，包括是否存在权属争议、保全行为对其他相关方权益的影响等因素，来决定是否采取保全措施。

二、申请保全的条件和流程

1. 申请条件：

   • 存在因一方行为或者其他原因，可能使判决难以执行或者造成当事人其他损害的案件情形。
   • 利害关系人可以在起诉前或诉讼过程中向人民法院申请采取保全措施。

2. 申请流程：

   • 向房屋所在地的基层法院提出申请。
   • 提交能证明该小产权房归债务人所有的相关证据，如购房合同、付款凭证、居住使用情况等。
   • 法院会对这些证据及具体情况进行审查，若认为有必要，会采取查封房屋等措施，禁止债务人随意处分房屋。

三、保全执行可能面临的问题

• 产权不明晰：小产权房因无合法产权证书，产权归属可能存在争议，这可能会限制保全执行的效果。
• 法律关系复杂：处理涉及小产权房的纠纷时，由于法律关系复杂，可能会导致保全执行过程更加困难。

四、建议

• 在申请保全前，建议充分收集并整理相关证据，以证明小产权房的归属和保全的必要性。
• 咨询专业律师，了解当地法院对于小产权房保全的具体政策和操作流程，以提高保全申请的成功率。
• 做好心理准备，由于小产权房的特殊性，保全执行可能面临诸多困难和挑战。

综上所述，小产权房虽然可以申请保全，但过程相对复杂且可能面临诸多困难。因此，在申请保全前，建议充分了解相关法律法规和政策，并咨询专业律师以获取更具体的指导和建议。