程序证据和实体证据在功能、表现形式以及运用阶段等方面存在明显的区别。具体分析如下：

一. 功能不同

1. 程序证据：主要功能在于证明诉讼程序的合法性、正当性以及保障诉讼程序的顺利进行。它关注诉讼过程中的各个环节是否符合法律规定，是否保障了当事人的诉讼权利，以及是否有助于查清案件事实。例如，庭审笔录作为程序证据，可以证明庭审过程是否合法。
2. 实体证据：主要功能在于证明案件事实本身，即案件中的实体权利义务关系。实体证据直接关联到案件的核心事实，是法院作出裁判的重要依据。例如，物证、书证等可以直接证明案件中的具体行为或事件。

二. 表现形式不同

1. 程序证据：通常表现为诉讼过程中的各种文件、记录、笔录等，如起诉书、答辩状、庭审笔录等。这些证据主要反映了诉讼程序的进行情况。
2. 实体证据：则包括与案件事实直接相关的物证、书证、证人证言、鉴定意见等。这些证据能够直接展现案件中的实体事实。

三. 运用阶段不同

1. 程序证据：主要在诉讼程序中进行运用，用于证明诉讼程序的合法性和正当性。在诉讼过程中，当事人可以提出程序性异议，法院也需要对诉讼程序进行审查和监督。
2. 实体证据：主要在案件实体审理阶段进行运用，用于证明案件的实体事实。在庭审过程中，当事人需要提出并质证实体证据，法院也需要依据实体证据对案件事实进行认定和裁决。

综上所述，程序证据和实体证据在诉讼过程中各司其职，共同保障诉讼的公正、效率和实体正义的实现。如有进一步需要，您可以继续咨询我。