证据分类中的实体证据和程序证据，主要区别在于功能、表现形式以及运用阶段。下面我将详细为您解析：
一. 功能不同
程序证据：其主要功能在于证明诉讼程序的合法性、正当性以及保障诉讼程序的顺利进行。它关注的是诉讼过程中的各个环节是否符合法律规定，是否保障了当事人的诉讼权利，以及是否有助于查清案件事实。例如，庭审笔录就是程序证据的一种，它记录了庭审的全过程，确保程序的公正性。
实体证据：其主要功能则在于证明案件事实本身，即案件中的实体权利义务关系。实体证据直接关联到案件的核心事实，是法院作出裁判的重要依据。比如，一份合同书就是实体证据，它直接证明了当事人之间的合同约定。
二. 表现形式不同
程序证据：通常表现为诉讼过程中的各种文件、记录、笔录等，如起诉书、答辩状、庭审笔录等。这些证据主要反映了诉讼程序的进行情况，而非案件实体事实。
实体证据：则包括与案件事实直接相关的物证、书证、证人证言、鉴定意见等。这些证据能够直接证明案件中的实体事实，如当事人的行为、事件的发生等。例如，一起交通事故中的现场照片、事故认定书等就是实体证据。
三. 运用阶段不同
程序证据：主要在诉讼程序中进行运用，用于证明诉讼程序的合法性和正当性。在诉讼过程中，当事人可以提出程序性异议，法院也需要对诉讼程序进行审查和监督。
实体证据：则主要在案件实体审理阶段进行运用，用于证明案件的实体事实。在庭审过程中，当事人需要提出并质证实体证据，法院也需要依据实体证据对案件事实进行认定和裁决。
综上所述，实体证据和程序证据在诉讼过程中各司其职，共同保障诉讼的公正、效率和实体正义的实现。如有进一步需要，您可以继续咨询我。