针对“不让做司法医疗鉴定是否违法”的问题，这主要取决于具体的情境和法律规定。

首先，从医疗纠纷的角度来看，如果医疗纠纷协议中明确限制或禁止进行鉴定，这通常是违法的。因为鉴定在医疗纠纷处理中具有至关重要的作用，它能够客观、公正地确定医疗行为是否存在过错以及过错的程度等关键事实。如果协议排除了鉴定这一合法途径，就可能导致纠纷无法得到准确、合理的解决，进而损害患者的合法权益。同时，根据相关法律法规，当事人有权申请鉴定以维护自身权益，协议不能随意剥夺这一权利。

其次，在司法程序中，法官是否允许进行法医鉴定，其决策通常基于案件的具体情况、证据充分性以及法律程序的要求。如果法官认为现有证据足以对案件进行定性，或者法医鉴定并非案件审理的必要条件，那么可能会决定不进行法医鉴定。然而，如果法官的决策明显违反了法律程序或侵犯了当事人的合法权益，当事人有权提出异议并寻求法律救济。

总的来说，不让做司法医疗鉴定是否违法，需要具体分析案件的性质、法律程序的要求以及当事人的权益等因素。在涉及人身伤害或医疗纠纷的案件中，进行法医鉴定通常是维护自身权益的重要步骤。如果当事人认为自己的权益受到了侵害，应该及时咨询专业律师，寻求法律帮助。