执业药师在一个药店辞职后，其注册证的处理方式主要取决于个人的选择和具体情况。以下是一些可能的处理方式及相应的法律依据：

一. 保留注册证

1. 法律依据：执业药师注册证是执业药师合法执业的凭证，只要注册证在有效期内，其法律效力不受执业药师离职的影响。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，因此执业药师有权要求药店归还其注册证。

2. 处理建议：如果执业药师离职后打算继续从事药品相关行业，我建议保留注册证，并确保其有效性，同时按照规定进行定期更新和续注。

二. 注销注册证

1. 法律依据：根据《执业药师注册管理办法》及相关法律法规，执业药师如果确定不再从事相关工作，可以向原发证机关申请注销注册证。

2. 处理流程：

   • 准备注销材料，包括注销注册申请表、个人身份证、原单位注销原因证明文件、执业药师注册证正本和副本。
   • 向原发证机关提交注销申请和相关材料。
   • 原发证机关在审核无误后，将予以注销，并收回注册证。

三. 变更注册单位

1. 法律依据：根据《执业药师注册管理办法》，执业药师变更执业单位应当及时办理变更注册手续。

2. 处理流程：

   • 向新单位所在地的药品监督管理部门提交变更注册申请，并提供相关证明材料，如离职证明、新单位的聘用合同等。
   • 药品监督管理部门在收到申请后，将对药师的资格进行审核。
   • 审核通过后，将颁发新的注册证，并在证书上注明变更后的注册单位。

四. 注意事项

1. 妥善保管注册证：无论选择哪种处理方式，执业药师都应妥善保管注册证，避免遗失或损坏。

2. 关注法规变化：执业药师应及时关注并遵守相关法规的变化，以确保自己的执业行为合法合规。

3. 办理离职手续：在离职过程中，执业药师还应注意办理完整的离职手续，包括获取离职证明和办理档案及社会保险关系转移等。

综上所述，执业药师在药店辞职后，其注册证的处理方式应根据个人实际情况和相关法律法规进行选择。如有进一步需要，您可以继续咨询我。