关于建设单位修改合同通用条款是否有效的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

1. 合同修改的基本原则：

   • 合同是双方真实意愿的表达，任何修改都应当经过双方的协商一致。
   • 修改内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得违背公共道德。
   • 修改应当遵循合同变更的法定程序，通常需要通过书面形式明确。

2. 针对建设合同通用条款的修改：

   • 通用条款作为合同的一部分，其修改同样需要遵循上述基本原则。
   • 如果修改内容经过了双方的协商一致，并且没有违反法律法规，那么该修改是有效的。
   • 修改后，如果合同内容未引发合同无效的状况（如侵犯国家、团体或第三方权益），则修改被视为有效。

3. 特殊情况下的修改效力：

   • 如果修改未经另一方同意，或者违反了法律的强制性规范（如涉及工程品质和安全性等强制性标准），则此修改可能无法被认定为有效。
   • 在某些情况下，即使合同已经盖章，但如果存在法定情形导致合同不能履行或合同无效，那么修改同样无法生效。

4. 法律依据：

   • 根据《民法典》的相关规定，合同当事人在成就合同过程中，对合同的通用条款进行修改或补充，只要是合同当事人真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定的，经合同当事人确认的就是有效的合同行为。

综上所述，建设单位修改合同通用条款的效力取决于多个因素，包括是否经过双方协商一致、是否违反法律法规、是否遵循了合同变更的法定程序等。因此，在评估修改是否有效时，需要全面考虑这些因素。如果你在具体合同中遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我将根据你的合同具体情况提供更详细的法律建议。