妨害公务罪的立案标准主要依据行为人的具体行为及其后果来确定。一般来说，妨害公务罪涉及以下几种情形：
一、一般情形下的妨害公务罪
以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务。这里的“暴力”指的是对正在依法执行职务的国家机关工作人员实施身体打击或强制，如殴打、捆绑等；“威胁”则是以杀害、伤害、毁坏财产、破坏名誉等为手段进行威逼或胁迫。需要注意的是，被阻碍的必须是国家机关工作人员的合法职务活动，否则不构成此罪。国家机关工作人员包括在各级国家权力机关、行政机关、司法机关、军事机关中从事公务的人员。
以暴力、威胁方法阻碍全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表依法执行代表职务。人大代表在本级人大会议期间的工作和闭会期间的活动，均视为执行代表职务。对人大代表使用暴力或威胁手段阻碍其执行职务的，同样构成妨害公务罪。
在自然灾害和突发事件中，以暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责。红十字会工作人员在这些情况下的救护和救助活动等，视为依法履行职责。对红十字会工作人员使用暴力或威胁手段的，也构成妨害公务罪。
二、特殊情形下的妨害公务罪
故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，虽未使用暴力、威胁方法，但造成严重后果的。这种情形强调的是在执行国家安全工作任务时的特定情况，即使未使用暴力或威胁手段，只要行为造成严重后果，如使国家安全工作任务无法完成，导致国家安全利益遭受重大损失，即构成犯罪。
虽未使用暴力，但是故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，情节恶劣的。在这种情况下，即使行为人没有使用暴力手段，但如果其行为情节恶劣，如多次阻碍、长时间阻碍等，也构成妨害公务罪。
总的来说，妨害公务罪的立案标准是一个综合考量的过程，需要综合考虑行为人的具体行为、行为的后果以及行为的情节等因素。同时，也需要注意区分依法执行职务行为与非依法执行职务行为，以确保准确适用法律。