汽车行驶当中被非机动车扔瓶子归公安机关交通管理部门管辖。以下是对此问题的详细分析：

一. 管辖部门的确定

根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，公安机关交通管理部门负责处理管辖区域内发生的交通事故以及相关的违法行为。当汽车行驶中被非机动车扔瓶子这一事件发生时，它可能构成对道路交通安全的影响，甚至可能引发交通事故。因此，这类事件应当由公安机关交通管理部门进行管辖和处理。

二. 法律依据

• 《中华人民共和国道路交通安全法》第六十六条：乘车人不得向车外抛洒物品。这一规定虽然直接针对的是乘车人，但非机动车驾驶人在道路上向行驶中的汽车扔瓶子，同样违反了不得在道路上抛撒物品的原则，且可能对道路交通安全构成威胁。
• 《中华人民共和国道路交通安全法》第八十九条：行人、乘车人、非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者五元以上五十元以下罚款。这一条款为处理此类违法行为提供了法律依据。

三. 处理流程

1. 举报与报警：如果汽车行驶中被非机动车扔瓶子，驾驶员可以立即拨打110或122报警电话，向公安机关交通管理部门举报这一违法行为。在报警时，应尽可能提供详细的信息，如事发地点、时间、涉事非机动车的特征及车牌号（如果可能的话）等。

2. 调查与处理：公安机关交通管理部门接到报警后，会派员赶赴现场进行调查。如果确认存在违法行为，将依法对非机动车驾驶人进行处理，可能包括警告、罚款等处罚措施。

四. 建议与提醒

• 我建议汽车驾驶员在遇到此类情况时保持冷静，确保自身安全的前提下及时报警。
• 我提醒所有道路使用者都应遵守交通规则，不向车外抛洒物品，共同维护道路交通安全。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。