当合同条款存在两种理解时，判断其真实意思需要遵循一定的原则和方法。以下是我作为专业律师给出的详细解答：
结论前置
在合同条款存在两种理解的情况下，应依据合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，综合判断该条款的真实意思。
详细解答
依据合同词句和有关条款：
- 首先，要仔细审查合同中的具体词句，特别是引发争议的条款。
- 接着，结合合同的其他相关条款，如上下文、前言、后记、附件等，以理解整个合同的体系和逻辑。
- 通过对比和解读，尝试确定争议条款在合同中的具体含义和作用。
考虑合同目的：
- 合同目的是双方订立合同时所追求的经济利益或法律效果。
- 在理解合同条款时，应充分考虑合同目的，以判断哪种解释更符合双方当初的意图和期望。
参照交易习惯：
- 交易习惯是指在特定行业或地区内，长期形成的、为大多数人所遵循的交易方式和规则。
- 如果合同条款存在歧义，且双方对交易习惯有共识，那么可以参照交易习惯来解释争议条款。
遵循诚实信用原则：
- 诚实信用原则是合同法的基本原则之一，要求当事人在履行合同过程中应诚实守信、遵守诺言。
- 在解释合同条款时，应遵循诚实信用原则，避免对一方当事人造成不公平的结果。
法律解释和裁判：
- 如果双方无法就合同条款的理解达成一致，可以寻求法律解释或裁判。
- 在法律解释或裁判过程中，法院或仲裁机构会根据上述原则和方法，结合具体案情，对合同条款进行解释和判断。
举例说明
假设一份合同中有一条款：“甲方应在乙方完成工作后支付款项。”该条款可能存在两种理解：一是甲方应在乙方完成全部工作后支付全部款项；二是甲方应在乙方完成每阶段工作后支付相应阶段的款项。
在这种情况下，我们可以按照以下步骤进行判断：
- 首先，查看合同中的具体词句，特别是“完成工作后”这一表述。
- 接着，结合合同的其他条款，如工作范围、支付方式、时间节点等，以理解整个合同的支付安排。
- 考虑合同的目的，比如是确保乙方获得全部款项还是分阶段获得款项。
- 参照交易习惯，看是否有类似的支付方式或行业惯例。
- 最后，遵循诚实信用原则，判断哪种解释更符合双方的意图和期望。
综上所述，当合同条款存在两种理解时，应综合考虑合同词句、有关条款、合同目的、交易习惯以及诚实信用原则，以确定该条款的真实意思。如果双方无法达成一致，可以寻求法律解释或裁判来解决争议。