立法与司法实践中，保护指定监视居住主要通过明确适用条件、强化法律监督以及完善经费保障机制等方面来实现。

一. 明确指定监视居住的适用条件

1. 严格遵循法律规定：指定居所监视居住是刑事诉讼法规定的一种强制措施，其适用应严格遵循《刑事诉讼法》第七十二条至第七十五条的相关规定。特别是要符合逮捕条件，但因特殊原因不适宜羁押的情形。
2. 防止滥用：对于不符合逮捕条件或证据不足的案件，不应适用指定居所监视居住。侦查机关在决定采取此措施时，应报请检察机关审查批准，防止自行降低适用条件。

• 例如，对于证据不足不捕的案件，若侦查机关认为需要继续采取强制措施，应优先考虑取保候审，而非直接转为指定居所监视居住。

二. 强化指定监视居住的法律监督

1. 建立审查监督工作机制：检察机关应建立指定居所监视居住的审查监督工作机制，对侦查机关提出的申请进行严格审查，确保符合法定条件。
2. 加强执行环节的监督：通过不定期巡查、同步监控等方式，发现和解决执行中的违法行为和执行不力等问题。同时，应受理当事人和辩护人等的投诉，及时监督解决违法行为。
3. 保障被监视居住人的合法权益：检察机关应监督执行机关不得在羁押场所或专门的办案场所执行指定居所监视居住，防止异化为变相羁押。

• 例如，检察机关可以通过定期检查执行场所、询问被监视居住人等方式，确保其合法权益不受侵犯。

三. 完善经费保障机制

1. 明确经费来源：指定居所监视居住的费用应由财政全额保障，避免转嫁到当事人身上。同时，应建立严格的经费管理制度，防止资金浪费和权力寻租。
2. 公开透明选择居所：明确可以被指定为居所的场所的条件、规格、收费标准，并向社会公示。被监视居住人若承担个人食宿费，应赋予其在符合条件场所中的选择权。

• 例如，政府可以设立专门的经费账户，用于支付指定居所监视居住的相关费用，并确保费用的使用公开透明。

综上所述，立法与司法实践中保护指定监视居住需要明确适用条件、强化法律监督以及完善经费保障机制等多方面措施共同发力。我建议相关机关应严格执行法律规定，加强监督与保障，确保指定监视居住的合法、合理、有效执行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。