当合同与补充协议出现争议时，一般以补充协议为准。这一原则主要基于补充协议通常反映了双方最新的合意和约定，且往往签署于原合同之后。但具体判断还需综合考量多种因素，包括时间优先、特定优于一般、意思表示真实等，并需结合合同内容、交易习惯、行业惯例及相关法律法规进行具体分析。

1. 以补充协议为准的情况：
   • 时间优先原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，若补充协议签订于原合同之后，且内容与原合同不一致，应视为对原合同的变更，以补充协议为准。
   • 特定优于一般原则：即使补充协议签订时间早于原合同，但若其针对特定情况或条款，并与原合同中的一般性规定冲突，也可能以补充协议为准。
   • 意思表示真实原则：若补充协议出于双方自愿、平等、协商一致，且内容合法有效，则更可能被认定为双方的真实意思表示，从而具有更高法律效力。

例如，甲和乙签订房屋买卖合同后，又签订了补充协议修改了付款方式。若就付款方式产生争议，应以补充协议中的约定为准。

1. 原合同继续有效的情况：
   • 部分补充：若补充协议明确仅对原合同的某些特定条款进行补充，未涉及的原合同条款仍然有效。
   • 无效或可撤销的补充协议：若补充协议因违反法律法规强制性规定、存在欺诈、胁迫等情形而导致无效或可撤销，则需按照原合同约定处理争议。

例如，甲和乙签订货物买卖合同后，签订的补充协议仅变更了交付时间。对于未涉及的规格、数量、价格等条款，原合同仍然有效。若补充协议因欺诈被撤销，关于交付时间的问题仍应按原合同执行。

在处理此类争议时，建议双方首先通过协商的方式解决。若协商无果，可以寻求法律途径，如通过诉讼或仲裁等方式来明确双方的权利与义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。