针对您提出的问题，即公司间签订的合同被对方指控为合同诈骗，并已经向公安刑侦报警的情况，以下是我为您提供的详细解答：
一、公安机关处理流程
报案与审查：
- 对方公司已经向公安机关报案，并提交了合同文本、交易记录等相关证据材料。
- 公安机关会对这些材料进行初步审查，判断是否存在犯罪事实以及是否需要追究刑事责任。
立案与侦查：
- 如果公安机关认为存在犯罪事实且需要追究刑事责任，会予以立案，并全面开展侦查工作。
- 侦查过程中，公安机关会详细询问报案人事情的经过，同时找相关证人了解情况。
- 公安机关还会积极收集与案件有关的物证、书证，并对犯罪嫌疑人的资金进行查询和冻结，以掌握其资金流向。
抓捕与移送审查起诉：
- 当公安机关查明犯罪嫌疑人的身份以及具体犯罪事实后，会迅速采取行动实施抓捕。
- 抓捕完成后，公安机关会将案件移送至检察院进行审查起诉。
提起公诉与审判：
- 检察院经审查，若认定犯罪事实清楚、证据确实充分，就会向法院提起公诉。
- 法院将依据事实和法律进行公正审判，最终作出有罪或无罪的判决。
二、公司应如何应对
配合调查：
- 您的公司应积极配合公安机关的调查工作，提供所需的相关证据和材料。
- 如有必要，可委托专业律师协助处理相关事宜。
保留证据：
- 保留与合同相关的所有证据，包括合同文本、交易记录、通信记录等。
- 这些证据将在后续的法律程序中发挥关键作用。
法律咨询：
- 咨询专业律师，了解合同诈骗的定罪与量刑标准，以及公司的法律责任和权益。
- 律师将为您提供专业的法律建议，帮助您更好地应对此情况。
防范与应对：
- 加强公司内部的合同管理，提高防范意识，避免再次发生类似情况。
- 如对方公司的指控不实，您的公司也有权通过法律途径维护自己的合法权益。
三、注意事项
- 在整个过程中，务必保持冷静和理性，不要轻信或传播未经证实的信息。
- 积极配合公安机关的工作，但也要保护好自己的合法权益。
- 如需法律援助或咨询，请务必选择正规、专业的律师或法律机构。
综上所述，面对合同诈骗的指控和公安刑侦的介入，您的公司应积极配合调查、保留证据、进行法律咨询，并加强防范与应对。希望这些建议能对您有所帮助。