合伙工程项目结束后，工程款支付完毕，法院主持清算有剩余利润的情况下，该利润是可以返还给合伙人的。以下是对这一结论的详细解释：

1. 合伙财产分配原则：

   • 根据《合伙企业法》的相关规定，合伙企业的财产在支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金，以及缴纳所欠税款、清偿债务后的剩余财产，按照合伙协议的约定进行分配。
   • 如果没有合伙协议或者合伙协议未约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配；无法确定出资比例的，由合伙人平均分配。

2. 法院主持清算的意义：

   • 法院主持清算意味着合伙企业的清算过程是在法律监督下进行的，确保了清算的公正性和合法性。
   • 清算结束后，如果有剩余利润，那么这些利润应当按照上述法律规定的原则进行分配。

3. 剩余利润的返还：

   • 在确认无其他债务和费用需要支付后，剩余利润应当返还给合伙人。
   • 返还方式可能因合伙协议或合伙人之间的协商而有所不同，但总体上应遵循法律规定的分配原则。

综上所述，合伙工程项目结束后，在工程款支付完毕且法院主持清算确认有剩余利润的情况下，该利润是应当返还给合伙人的。如果合伙人对分配方式有异议或无法达成一致，可以寻求法律途径解决争议。