开标后发现投标文件有瑕疵，不可以联系代理机构进行澄清。具体分析如下：

一. 开标后的澄清限制

• 在投标截止后，投标文件已经提交并公开，此时进入评标阶段。根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》（财政部令第87号）的相关规定，评标委员会对于投标文件中含义不明确、同类问题表述不一致或者有明显文字和计算错误的内容，有权以书面形式要求投标人作出必要的澄清、说明或者补正。但这一权力属于评标委员会，而非代理机构或投标人自身。
• 投标人在开标后主动提出澄清，是不被接受的。因为评标过程需要保持公正、公平，避免任何可能的干扰或影响。

二. 评标委员会的澄清权力

• 评标委员会在评审过程中，对于投标文件中存在的问题，有权要求投标人进行澄清或补正。但这种澄清或补正必须基于评标委员会的书面要求，并且投标人的澄清、说明或补正不得超出投标文件的范围或改变投标文件的实质性内容。
• 代理机构在此过程中没有权力要求投标人澄清，其角色主要是组织和协助评标工作，确保评标的顺利进行。

三. 投标文件的修改与撤回

• 投标文件的修改或撤回必须在投标截止前进行。一旦投标截止，投标文件即成为评标的基础，不得再进行任何修改或撤回。
• 因此，开标后发现投标文件有瑕疵，投标人无法再通过联系代理机构进行澄清或修改来弥补这一瑕疵。

综上所述，开标后发现投标文件有瑕疵，投标人不能联系代理机构进行澄清。如有进一步需要，您可以继续咨询我。