针对您提出的问题，即“公司股东以个人名义与其他人签订合伙协议并以其公司名义经营，合伙人的出资是如何处理的”，以下是我的详细解答：

首先，需要明确的是，公司股东以个人名义与其他人签订合伙协议，并以其公司名义进行经营，这种行为在法律上可能涉及多个层面的法律关系，包括股东的个人责任、公司的法人责任以及合伙关系等。

1. 合伙协议与公司经营的关系：

   • 合伙协议是合伙人之间约定共同出资、共同经营、共享收益、共担风险的协议。当公司股东以个人名义签订合伙协议时，他实际上是以个人身份成为合伙人之一。
   • 然而，如果股东以公司名义进行经营，那么公司就成为了实际上的经营主体。这意味着，尽管合伙协议是股东个人签订的，但经营活动的法律责任可能由公司承担。

2. 合伙人的出资处理：

   • 在合伙关系中，合伙人的出资是合伙财产的重要组成部分。根据合伙协议的约定，合伙人的出资可能包括现金、实物、知识产权等多种形式。
   • 如果股东以个人名义签订合伙协议，并以公司名义经营，那么合伙人的出资应当按照合伙协议的约定进行处理。具体来说，出资可能用于公司的日常经营、项目投资或其他合伙目的。
   • 重要的是，合伙人的出资应当与公司的财务分开管理，以确保合伙财产与公司财产的独立性。这有助于在发生法律纠纷时，清晰界定各方的责任和义务。

3. 法律风险和建议：

   • 这种行为可能引发法律上的混淆和纠纷。例如，如果公司无法偿还债务，债权人可能会追索到股东个人，要求其承担连带责任。
   • 因此，我强烈建议公司股东在签订合伙协议时，应明确约定合伙关系的性质、经营范围、出资方式、利润分配等关键条款，并确保这些条款与公司章程和法律规定相一致。
   • 同时，股东还应咨询专业的法律顾问或律师，以获取更具体的法律建议和指导，确保自身权益不受损害。

综上所述，公司股东以个人名义与其他人签订合伙协议并以其公司名义经营时，合伙人的出资应当按照合伙协议的约定进行处理，并确保与公司财务的独立性。同时，股东应谨慎处理这种复杂的法律关系，以避免潜在的法律风险和纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。