企业内部罚款这一行为的合法性，确实是一个值得深入探讨的问题。根据相关法律法规和法院判例，我们可以得出以下结论：

企业内部罚款通常是不合法的。罚款属于行政处罚的范畴，按照我国法律制度，只有法律、法规和行政规章才能设立这类处罚。由于用人单位并非行政处罚的主体，因此它们没有权力对员工进行经济处罚。这一点在《劳动法》及其实务操作中得到了明确的体现。

具体来说，如果企业因员工违反劳动纪律或考勤制度而对其进行罚款，这种行为可能会被视为违法。法院在相关判例中也明确指出，用人单位不具有罚款权，且对员工的处罚不能超过其缺勤期间的工资。如果企业的内部规定中包含了罚款条款，并且这些条款被用于实际处罚员工，那么这些规定将不会受到法律的支持。

那么，企业应该如何维护劳动纪律呢？其实，企业可以通过其他合法的方式来达到这一目的。例如，可以设立绩效工资、全勤工资等分类，将员工的薪资与考勤和绩效挂钩。这样，员工在违反劳动纪律或考勤制度时，企业可以通过扣除相应的绩效工资或全勤工资来进行处罚，而不是直接进行罚款。

此外，如果企业认为员工的行为给其造成了经济损失，可以依据《工资支付暂行规定》第十六条的规定，按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。但需要注意的是，这种赔偿必须基于实际的损失情况，并且不能违背相关法律法规的规定。

总之，企业内部罚款通常是不合法的。企业应该通过合法的方式来维护劳动纪律和保障自身的权益，同时也应该尊重和保护员工的合法权益。如果员工遇到了不公正的内部罚款，可以向劳动仲裁部门提起仲裁或向法院提起诉讼来维护自己的权益。