关于集体所有制企业改制后登记股东仍然是政府部门是否承担出资不到位的责任，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 改制后的企业性质与股东责任：

   • 集体所有制企业改制后，其企业性质可能发生变化，如转变为有限责任公司或股份有限公司。在此情况下，股东的责任将依据新的企业形式及公司法规定来确定。
   • 如果改制后的企业仍然保留集体所有制的形式，但股东变更为政府部门，那么政府部门的出资责任将依据集体所有制企业的相关法律法规及改制方案来界定。

2. 政府部门的股东地位与出资义务：

   • 政府部门作为股东，与其他股东一样，应当履行出资义务。如果政府部门未按照约定或法律规定履行出资义务，将可能承担出资不到位的责任。
   • 这种责任可能包括补足出资、承担违约责任，甚至在某些情况下可能面临行政处罚或法律诉讼。

3. 出资不到位的法律后果：

   • 如果政府部门作为股东出资不到位，首先会影响企业的正常运营和资金状况。
   • 其他股东或债权人可能会要求政府部门承担相应的法律责任，包括赔偿损失、承担债务等。
   • 在极端情况下，如果政府部门严重违反出资义务，可能导致企业面临解散或破产的风险。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 需要注意的是，如果改制过程中存在特殊的政策安排或法律规定，如政府部门以特定方式参与改制并享有特殊权益，那么其出资责任可能会受到这些特殊规定的影响。
   • 此外，如果政府部门出资不到位是由于不可抗力或其他法定免责事由导致的，那么其可能不需要承担全部或部分责任。

综上所述，集体所有制企业改制后登记股东仍然是政府部门时，政府部门作为股东应当履行出资义务。如果出资不到位，将可能承担相应的法律责任。然而，具体责任还需根据改制方案、企业性质、相关法律法规以及实际情况来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。