股东会约定办理工商变更登记的条件是有效的。接下来，我将从法律角度详细解释这一结论。

首先，根据《公司法》的相关规定，股东会作为公司的最高权力机构，有权对公司的重大事项进行决策，包括但不限于股权转让、增资减资、公司形式变更等。这些决策往往伴随着工商变更登记的需求。因此，股东会完全有权在合法合规的前提下，通过决议的形式约定办理工商变更登记的具体条件。

其次，股东会约定的办理工商变更登记的条件，只要不违反法律法规的强制性规定，不损害公司、股东及债权人的合法权益，就是合法有效的。这些条件可以包括但不限于股权转让的完成时间、增资减资的具体数额、公司形式变更后的治理结构等。股东会应当确保这些条件的设定是合理且可行的，以便在实际操作中能够顺利执行。

最后，需要强调的是，虽然股东会可以约定办理工商变更登记的条件，但在实际操作中还需要遵循相关的法律程序和规定。例如，股权转让需要签订股权转让协议，并办理相应的税务和工商变更登记手续；增资减资需要修改公司章程，并报经相关部门审批等。因此，在股东会约定条件的同时，也需要考虑如何确保这些条件的合法性和可操作性。

综上所述，股东会约定办理工商变更登记的条件是有效的，但需要在合法合规的前提下进行，并确保条件的合理性和可操作性。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。