关于“本协议签定后新组建部门是否有效”的问题，首先我们需要明确的是，协议的签订本身并不直接决定新组建部门的有效性，而是需要依据协议的具体内容以及相关的法律法规来综合判断。

1. 协议内容的关键性：

   • 协议中应明确新组建部门的名称、职责、权限、组成人员等关键信息。
   • 协议需明确新组建部门与公司其他部门的关系，以及其在公司架构中的位置。
   • 如果协议中包含了关于新组建部门设立的有效条件或程序，那么这些条件或程序的满足是判断部门有效性的重要依据。

2. 法律法规的遵循：

   • 新组建部门的设立应符合《公司法》及相关行政法规的规定，不得违反法律的强制性规定。
   • 如果新组建部门的设立涉及到公司注册资本、股东权益等敏感问题，还需符合《公司法》中关于公司变更、股东会决议等相关规定。

3. 公司内部程序的合规性：

   • 新组建部门的设立通常需经过公司内部决策程序，如股东会、董事会或经理层的批准。
   • 如果公司内部有特定的规章制度或流程关于部门设立，那么遵循这些规章制度或流程也是判断部门有效性的重要方面。

综上所述，要判断本协议签定后新组建部门是否有效，需要综合考虑协议内容、法律法规以及公司内部程序的合规性。如果协议内容合法、合规，且已经按照相关法律法规和公司内部程序完成了必要的审批和设立手续，那么新组建部门在协议签订后是具有法律效力的，也即是“有效”的。反之，如果协议内容存在违法、违规之处，或者未按照相关法律法规和公司内部程序完成设立手续，那么新组建部门的有效性可能会受到质疑。

因此，在签订协议前，建议详细审查协议内容，确保新组建部门的设立符合法律法规和公司内部程序的要求，以避免后续可能出现的法律纠纷。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。