公司地址变更确实可以跨区变更，而且具体的流程和所需材料可能会因地区而异。以深圳市为例，如果公司从南山区搬迁到宝安区，变更注册地址的流程大致如下：

首先，需要确认变更是否符合全流程办理的条件。如果符合，那么只需在线填写完变更信息并提交，之后下载未签名的申请表进行电子签名提交即可。如果符合的是半流程条件，那么需要先进行预约，然后经办人需带齐相关资料到指定窗口进行办理。

此外，像江苏省等地区已经实现了省内企业跨区迁移的全城网办。企业只需通过特定的服务平台（如江苏省的企业全链通服务平台），输入企业的统一社会信用代码和法定代表人的身份证信息，按提示填写相关信息并上传营业执照和拟迁移地址的住所证明材料，之后进行电子签名并提交。申请信息将直接进入迁入地登记机关的内网生成待办任务，全程都可以在网上办理。申请人还可以实时查看办理进度，待登记机关审核完成后，即可直接去迁入地登记机关办理变更登记。

总的来说，公司地址跨区变更是可以的，而且随着政务服务的不断优化，越来越多的地区开始实现全程网办，使得办理流程更加便捷。但具体的流程和所需材料还需根据当地的相关规定来确定，建议在办理前先咨询当地的市场监督管理局或相关政务服务平台以获取最准确的信息。