针对您提出的问题“债权人行使代位权，股东向债权人直接清偿了怎么办”，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确代位权的概念。代位权是债权人在债务方怠于主张对次级债务人（如公司股东）的权益，以致影响到债权人自身债权实现时，债权人可以自身名义替代债务方向次级债务人提出权益主张的权利。当代位权诉讼观点获得法庭认可后，债权人通常有权即时获取清偿。

现在，我们针对您的具体情况进行分析：

1. 股东直接清偿的合法性：

   • 在某些情况下，如股东未履行出资义务或公司资不抵债时，股东可能会直接向债权人清偿以解决问题。这种清偿行为在法律上并不总是被明确禁止，但需要根据具体情况来判断其合法性和有效性。
   • 如果股东自愿且合法地向债权人清偿，且该清偿行为不损害其他债权人的利益，那么这种清偿通常是有效的。

2. 债权人的权利：

   • 债权人接受股东直接清偿时，应确保清偿金额与其债权相符，并保留相关证据以证明清偿事实。
   • 如果债权人认为股东清偿行为存在不当或损害其权益，可以拒绝接受清偿，并通过法律途径维护自身权益。

3. 后续处理：

   • 债权人接受股东清偿后，应及时与债务方（公司）和股东进行确认，确保清偿行为的合法性和有效性。
   • 如果清偿行为引发其他争议或法律问题，债权人可以寻求法律援助或提起诉讼以维护自身权益。

4. 注意事项：

   • 债权人在行使代位权或接受股东清偿时，应充分了解相关法律法规和程序要求，以确保自身行为的合法性和有效性。
   • 如果涉及复杂的法律问题或争议，建议债权人咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。

综上所述，当债权人行使代位权时，如果股东选择直接向债权人清偿，债权人应根据具体情况判断清偿的合法性和有效性，并采取相应的措施来保护自身权益。如果涉及复杂的法律问题或争议，建议寻求专业法律帮助。