针对“违法强制清除违法种植的果树怎么处罚”这一问题，首先需要明确的是，若果树被违法强制清除，涉及的法律责任和赔偿问题需根据具体情况来分析。以下是一个基于相关法律原则和案例的详细解答：
一、法律责任认定
行政行为的合法性：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国行政强制法》的相关规定，政府或相关行政部门在征收土地或执行其他行政行为时，必须遵循法定的程序和权限。
- 若未按照法定程序进行催告、未给予当事人陈述和申辩的机会，或未依法作出强制执行决定，而直接实施强制清除果树的行为，则构成违法行政行为。
责任主体的确定：
- 在行政行为中，通常由政府或政府授权的部门承担法律责任。
- 若强制清除果树的行为是由某级政府或政府部门组织的，则该政府或部门即为责任主体。
二、赔偿问题
赔偿原则：
- 根据《中华人民共和国国家赔偿法》，因国家机关和国家机关工作人员行使职权，侵犯公民、法人和其他组织合法权益造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。
- 赔偿应当遵循“直接损失”原则，即仅赔偿因违法行为直接造成的财产损失。
赔偿数额的确定：
- 在果树被违法强制清除的情况下，赔偿数额通常根据果树的种类、数量、年龄、生长状况以及市场价值等因素来综合确定。
- 若果树已经灭失，且当事人未申请评估，法院可能会参照当地征地过程中适用的补偿方案所规定的标准，酌定以标准上限或合理数值作为赔偿数额的计算标准。
赔偿程序：
- 受害人应当先向赔偿义务机关提出赔偿请求，赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内给予赔偿。
- 若赔偿义务机关逾期不予赔偿或受害人对赔偿数额有异议，受害人可以依法向人民法院提起诉讼。
三、案例分析
以提供的案例为例，瓦房店市政府在未履行法定程序的情况下，直接实施了强制清除果树的行为，被法院确认为违法。在赔偿问题上，法院参照了当地征地过程中适用的补偿方案，酌定了赔偿数额。这既体现了法律对违法行政行为的制约，也体现了对受害人合法权益的保护。
四、建议
- 增强法律意识：对于涉及土地征收、果树清除等敏感问题，当事人应当增强法律意识，了解相关法律法规和政策规定。
- 积极收集证据：在面临果树被强制清除的情况下，当事人应当积极收集证据，如拍照、录像、保留相关文件等，以便在后续的法律程序中维护自己的权益。
- 依法维权：若认为自己的合法权益受到侵犯，当事人应当依法向有关部门反映问题，寻求法律救济途径。必要时，可以寻求专业律师的帮助。
综上所述，对于违法强制清除违法种植的果树的行为，应当从法律责任认定、赔偿问题以及案例分析等方面进行综合考虑和处理。当事人应当积极维护自己的合法权益，依法寻求法律救济。