公司车间内设置办公室是否合法，需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一. 土地用途和规划要求

• 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。因此，如果公司车间所在土地原为农用地，需先办理转用审批手续，否则在车间内设置办公室将可能构成违法行为。
• 此外，建设活动还需符合当地的城市规划和土地利用总体规划。如果车间内设置办公室不符合当地规划要求，同样可能面临法律风险。

二. 建筑安全和消防要求

• 根据《建筑设计防火规范》GB50016的相关规定，办公室、休息室等不应设置在甲、乙类厂房内。甲、乙类生产过程中发生的爆炸，冲击波有很大的摧毁力，用普通的砖墙很难抗御。因此，如果公司车间属于甲、乙类厂房，那么在其中设置办公室将违反消防安全规定。
• 对于丙类厂房，虽然允许设置办公室，但应采用耐火极限不低于2.50h的防火隔墙和1.00h的楼板与其他部位分隔，并应至少设置1个独立的安全出口。如果车间内设置办公室不满足这些消防安全要求，同样可能构成违法行为。
• 需要注意的是，《建筑设计防火规范》中并没有明确规定办公室、休息室在厂房内设置的具体面积限制，但国内其他省市出台的消防技术标准对此有过类似的回复。例如，《江苏省建设工程消防设计审查 验收常见技术难点问题解答》中提到，为厂房、仓库提供服务的配套办公室、休息室可以设置在丙、丁类厂房、仓库内，面积一般宜控制在车间、仓库总建筑面积的15%以内。

三. 相关审批手续

• 在车间内设置办公室，还需依法办理相关的建设审批手续。这包括但不限于建设工程规划许可证、施工许可证等。未取得相关许可擅自进行建设的，将可能面临行政处罚等法律风险。

综上所述，公司车间内设置办公室是否合法，需根据土地用途和规划、建筑安全和消防要求以及相关审批手续等多个因素进行综合判断。如果车间内设置办公室符合所有相关法律法规和规划要求，并办理了相关审批手续，那么就是合法的。反之，则可能构成违法行为。

我建议公司在考虑在车间内设置办公室时，务必先咨询当地政府部门或专业法律服务机构，确保所有手续齐全、合规合法。如有进一步需要，您可以继续咨询我。