行政处罚案卷常见问题主要涉及法律文书的制作、法律适用、事实认定以及程序规范等多个方面。以下是对这些问题的详细梳理：

1. 法律文书制作不规范：

   • 行政裁量基准适用的依据和理由说理不充分，对罚款数额的确定方式不加以论述。
   • 法律文书内部呈批文件审批人员不签注意见，或未按照规定的格式和要求制作文书。
   • 调查取证人员未签名和签写日期，或调查人员同时作为案件审查人员。

2. 法律适用不准确：

   • 对环保法律法规、生产工艺、产业政策不熟悉，导致法律适用错误。
   • 未根据具体违法行为准确引用相关法律条款，或引用的法律条款已废止或修改。

3. 事实认定不清楚：

   • 对违法行为的调查不全面，或未收集到足够的证据来支持事实认定。
   • 对未办理环评的违法行为进行处罚时，未对照相关名录确定是否属于应办理环评项目及需办理的环评类型。
   • 超标排放污染物但未对适用的污染物排放标准进行陈述说明。

4. 程序规范不遵循：

   • 未严格遵守一般行政处罚程序，如立案、调查取证、告知回避、听取陈述申辩或举行听证等程序缺失或不完善。
   • 部分违法行为未整改到位即结案，或电子数据作为证据未经审核或审核不通过即被使用。
   • 行政处罚决定关于救济途径行政复议机关的确定不统一，或行政诉讼案件的管辖法院也不统一。

针对以上问题，建议行政执法机关在办理行政处罚案件时，应加强对执法人员的培训和管理，确保法律文书制作规范、法律适用准确、事实认定清楚、程序规范遵循。同时，也应加强对行政处罚案卷的评查和监督，及时发现并纠正存在的问题，以提升行政执法行为的规范性和公信力。如有任何具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。