核心结论：新公司法下，公司发生亏损时，应首先使用利润进行弥补，利润不足以弥补的，可以使用公积金，但资本公积金（除特定条件下）不得用于弥补亏损。具体弥补程序需遵循相关法律法规。

详细解答：

1. 利润弥补：

   • 公司在每一会计年度结束时，若存在亏损，应首先利用当年的税后利润进行弥补。这是最直接且常用的弥补亏损方式。

2. 公积金弥补：

   • 当利润不足以弥补亏损时，公司可以使用公积金来弥补。公积金包括法定公积金和任意公积金。
   • 法定公积金：公司分配当年税后利润时，应提取利润的百分之十列入法定公积金，用于弥补亏损或转为增加公司资本。但转为资本时，留存的法定公积金不得少于转增前公司注册资本的百分之二十五。
   • 任意公积金：公司可根据股东会或股东大会的决议提取任意公积金，同样可用于弥补亏损。
   • 特别注意：根据新公司法及财政部的相关规定，资本公积金（除非是由全体股东共享且未限定用途的）不得用于弥补亏损。

3. 弥补程序：

   • 公司董事会应制定公积金弥补亏损方案，说明亏损的主要构成、弥补亏损的原因、金额和方式等，并形成董事会决议。
   • 该方案需提交股东会或股东大会审议批准后实施。

4. 其他注意事项：

   • 公司在弥补亏损时，应确保遵循相关法律法规，不得损害债权人和其他利益相关者的合法权益。
   • 若公司连续亏损，且无法通过利润或公积金弥补，可能需要考虑减少注册资本、引入新投资者或采取其他重组措施来改善财务状况。

综上所述，新公司法下公司弥补亏损的方式主要包括利润弥补和公积金弥补，且需遵循特定的程序和规定。若您在公司法务或股权转让领域有进一步的问题，欢迎随时向我咨询。