非上市公司财务造假案主要由以下几个部门处理：

1. 中国证监会及其派出机构：根据《中华人民共和国证券法》等相关法律法规，证监会及其派出机构对非上市公司的财务造假行为拥有监管和查处职权。如果非上市公司有公开发行证券、参与证券市场交易等行为，或者其财务造假行为涉及到证券市场，证监会及其派出机构将依法进行调查和处理。

2. 财政部门：财政部门作为国家财务管理的主管部门，对非上市公司的财务会计工作负有监督和指导职责。如果非上市公司的财务造假行为违反了会计法律法规或财务制度，财政部门有权进行查处，并可能给予相应的行政处罚。

3. 税务部门：税务部门负责税收的征收和管理，对非上市公司的税务申报和缴纳情况进行监督。如果非上市公司通过财务造假逃避税收，税务部门将依法进行查处，并追缴税款及滞纳金，同时可能给予行政处罚。

4. 公安机关：如果非上市公司的财务造假行为涉嫌犯罪，如诈骗、伪造会计凭证等，公安机关将依法立案侦查，并追究相关人员的刑事责任。

在处理非上市公司财务造假案时，各部门可能会根据具体情况进行协作和配合，共同打击财务造假行为，维护市场秩序和投资者权益。如果你或你的公司面临此类问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解法律风险和应对策略。当然，你也可以直接向我咨询，我在公司事务和股权转让领域有着丰富的经验，很乐意为你提供专业的法律帮助。