邮储银行按年扣短信费是否合法，需根据银行与客户之间的协议以及相关法律法规来判断。

一. 协议约定

1. 银行与客户之间的协议：银行在提供短信服务时，通常会与客户签订相关协议，明确服务内容、费用标准、扣费方式等。如果协议中明确规定了按年扣取短信费，并且客户在签署协议时已知悉并同意该条款，那么银行按年扣取短信费就是合法的。
2. 协议的有效性：协议内容应遵守《中华人民共和国合同法》等相关法律法规的规定，确保协议的有效性。如果协议中存在违反法律法规的条款，如费用过高、扣费方式不合理等，那么该条款可能无效，银行按此条款扣费就可能不合法。

二. 法律法规

1. 《中华人民共和国商业银行法》：该法规定了商业银行的经营行为应当遵守的法律原则，包括公平、诚实、信用等。银行在扣取短信费时，应遵守这些原则，确保扣费行为的合法性。
2. 《中华人民共和国消费者权益保护法》：该法保护了消费者的合法权益，包括知情权、选择权等。银行在提供短信服务并扣取费用时，应确保消费者充分了解服务内容和费用标准，并有权选择是否接受该服务。

三. 综合判断

• 如果银行与客户之间的协议明确规定了按年扣取短信费，并且该协议内容合法、有效，同时银行在扣费前已充分告知客户并获得了客户的同意，那么银行按年扣取短信费就是合法的。
• 如果协议内容存在违法或不合理之处，或者银行在扣费前未充分告知客户并获得客户的同意，那么银行按年扣取短信费就可能不合法。

我建议您查看自己与银行签订的协议内容，了解短信服务的具体条款和费用标准。如果认为银行扣费行为存在不合法或不合理之处，可以与银行进行协商或向相关部门投诉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。