小股东卖货做假账，公司可以依据公司章程、股东协议或相关法律规定，追究其法律责任，并采取相应的内部措施进行处理。具体分析如下：
一. 法律责任的追究
违反公司法规定：根据《公司法》的相关规定，股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益。小股东卖货做假账，显然违反了这一规定，损害了公司的利益和其他股东的权益。
可能涉及的刑事责任：如果小股东做假账的行为构成犯罪，如诈骗罪、虚报注册资本罪等，还将面临刑事责任的追究。这需要根据具体的犯罪情节和法律规定来判断。
二. 公司内部处理措施
依据公司章程进行处理：公司章程是公司内部的基本法规，对于股东的行为具有约束力。如果小股东的行为违反了公司章程的规定，公司可以依据章程中的相关规定，对其采取警告、罚款、剥夺股东权利等措施。
召开股东会进行决议：针对小股东的不当行为，公司可以召开股东会进行讨论和决议。在股东会上，其他股东可以表达对小股东行为的看法，并共同决定如何处理这一问题。
提起民事诉讼：如果小股东的行为给公司造成了经济损失，公司可以向人民法院提起民事诉讼，要求小股东承担赔偿责任。
三. 实际操作的建议
收集证据：在处理小股东做假账的问题时，首先需要收集充分的证据，以证明其不当行为。这包括账目记录、交易凭证、聊天记录等。
与小股东沟通：在采取法律手段之前，可以尝试与小股东进行沟通，了解其行为的动机和原因，并尝试通过协商解决问题。
及时咨询专业意见：在处理过程中，如果涉及复杂的法律问题或需要专业的法律帮助，应及时咨询律师或相关法律机构。
我建议，公司应尽快采取行动，依据公司章程和法律规定，追究小股东的法律责任，并采取相应的内部措施进行处理。同时，公司也应加强内部管理，完善财务制度，防止类似事件的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。