单位收到重大侵权盗版案件奖励金应主要用于奖励举报人及参与查处工作的相关人员，或用于版权保护相关的工作。具体分析如下：

一. 奖励金的用途

1. 奖励举报人：根据《奖励举报侵权盗版行为暂行办法》及《举报、查处侵权盗版行为奖励暂行办法》，单位收到的奖励金首先应用于奖励那些提供重大侵权盗版案件线索、对案件查处起到关键作用的举报人。这是奖励金的主要用途，也是鼓励社会公众积极参与打击侵权盗版行为的重要手段。
2. 奖励参与查处工作的相关人员：除了举报人，对于在查处重大侵权盗版案件中表现突出、起到重大作用的人员，单位也可以从奖励金中划出部分进行奖励，以激励更多人员积极参与版权保护工作。
3. 用于版权保护相关工作：虽然奖励金主要用于奖励个人，但单位也可以将部分奖励金用于加强版权保护的相关工作，如提升版权保护意识、加强版权执法力度等，以进一步维护版权秩序。

二. 使用奖励金的注意事项

1. 专款专用：单位应确保奖励金专款专用，不得挪作他用，以确保奖励金的合理使用和有效管理。
2. 公开透明：单位在使用奖励金时，应保持公开透明，确保奖励金的发放和使用过程受到监督，避免出现不当使用或滥用的情况。

综上所述，单位收到的重大侵权盗版案件奖励金应主要用于奖励举报人及参与查处工作的相关人员，或用于版权保护相关的工作。同时，单位在使用奖励金时应遵循专款专用、公开透明的原则，确保奖励金的合理使用和有效管理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。