村干部将集体经济入股到自己合作社，合同到期后未及时退回本金的行为，有可能构成侵占。具体分析如下：

一. 侵占的定义与构成

1. 定义：侵占是指以非法占有为目的，将他人的交给自己保管的财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为。
2. 构成要件：

    - 行为人必须是以非法占有为目的；
    - 行为人实施了将他人所有、自己占有的财物转为自己所有的行为；
    - 侵占的财物数额较大；
    - 行为人拒不交还。
   

二. 结合案情分析

1. 行为性质：村干部将集体经济入股到自己合作社，这一行为本身就存在潜在的利益冲突。合同到期后，村干部有义务及时退回本金。
2. 非法占有：如果村干部在合同到期后，明知应退回本金而故意不退，或以各种理由拖延，则表明其有非法占有的目的。
3. 财物归属：集体经济属于村集体所有，村干部只是代为管理或投资，并不拥有所有权。合同到期后，本金应归还村集体。
4. 数额与拒不退还：若未退回的本金数额较大，且村干部拒不退还，则完全符合侵占的构成要件。

三. 法律后果

1. 民事责任：村干部应承担退还本金的民事责任，并可能需支付逾期利息或赔偿损失。
2. 刑事责任：如果村干部的行为构成侵占罪，根据《刑法》的相关规定，可能面临刑事处罚。

我建议：村集体应尽快与村干部协商解决此事，要求退还本金。如果协商无果，可以寻求法律援助，通过法律途径维护村集体的合法权益。同时，村集体也应加强对村干部的监督和管理，防止类似事件再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。