您好，关于通行费发票是否算合法有效扣税凭证的问题，我可以给您一个清晰、详细且深度的解答。

首先，我们需要明确通行费发票的类型。通行费电子发票主要分为两种：一种是左上角标识“通行费”字样，且税率栏次显示适用税率或征收率的通行费电子发票，这种被称为征税发票；另一种是左上角无“通行费”字样，且税率栏次显示“不征税”的通行费电子发票，这种则被称为不征税发票。

在这两种发票中，只有征税发票才属于合法的扣税凭证。也就是说，如果您取得的通行费电子发票左上角有“通行费”字样，并且税率栏次显示了适用税率或征收率，那么这张发票就可以作为您抵扣进项税额的合法凭证。

接下来，我们再看看具体的抵扣操作。对于增值税一般纳税人来说，他们申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。这意味着，通行费电子发票的税额部分，可以按照规定的程序进行抵扣。

此外，还需要注意的是，只有增值税一般纳税人才可以抵扣进项税额，小规模纳税人则不能抵扣。同时，通行费必须用于增值税应税项目（如生产经营），如果用于免税项目或集体福利等，则也不能抵扣。最后，发票必须真实、合法，且通过增值税发票综合服务平台或电子税务局进行勾选认证。

综上所述，通行费发票中的征税发票是合法有效的扣税凭证，但具体抵扣操作需遵循相关税收政策和规定。希望这个解答能够帮到您，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。