终结破产程序后满两年，公司通常应该进行注销。以下是详细的分析和法律依据：
分析
破产清算的目的：
- 破产清算的目的是对公司的资产进行清理、分配，以了结公司的债权债务关系。
清算程序结束后的法律效果：
- 当清算程序结束，所有的债务都得到清偿或者依法进行了减免，公司的主体资格就不再存在。
- 此时，为了确保公司从法律意义上彻底终止，避免出现法律上的遗留问题和风险，就需要办理注销手续。
法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规的规定，公司在清算终结后，应当依法办理注销登记。
- 这意味着，终结破产程序后，公司应当按照法定程序向公司登记机关提交相关材料，经核准后办理注销。
法律依据
- 《中华人民共和国公司法》等相关法律法规明确规定了公司在清算终结后应当依法办理注销登记。
结论
综上所述，终结破产程序后满两年，公司通常应该进行注销。这是为了确保公司从法律意义上彻底终止，避免后续出现任何法律上的遗留问题和风险。如果公司在清算终结后未依法办理注销登记，可能会面临法律上的不利后果。因此，建议公司在终结破产程序后及时办理注销手续。