公司账户有一笔违规款项进来，公安确实有权利进行查扣。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据我国相关法律法规，公安机关在侦查犯罪活动过程中，有权对涉嫌犯罪的财物进行查封、扣押、冻结等措施。
   • 如果公司账户中的款项被认定为违规或涉及犯罪活动，如洗钱、诈骗、非法集资等，公安机关有权依法进行查扣。

2. 查扣程序：

   • 公安机关在进行查扣前，通常会进行初步调查，收集相关证据，以确定款项是否违规或涉及犯罪。
   • 查扣过程中，公安机关会遵循法定程序，出具相关法律文书，并告知公司相关权利和义务。
   • 公司有权对查扣行为提出异议，并提供相关证据证明自己的合法性。

3. 后续处理：

   • 如果款项被确认为违规或涉及犯罪，公安机关将依法进行处理，可能包括没收、罚款等。
   • 如果公司能够证明款项的合法性，公安机关会及时解除查扣，恢复公司账户的正常使用。

4. 公司应对措施：

   • 公司应积极配合公安机关的调查，提供相关资料和证据。
   • 如果对查扣行为有异议，应及时向公安机关提出，并寻求法律途径解决。
   • 公司应加强内部财务管理和合规审查，确保账户款项的合法性和合规性。

综上所述，公司账户有一笔违规款项进来时，公安有权进行查扣。公司应积极配合调查，并加强内部合规管理，以防范类似情况的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。