当车辆登记在妻子名下，但平时由丈夫驾驶，并在驾驶过程中发生事故时，保险公司通常是会进行理赔的，但前提是事故不属于保险公司的免赔情形。以下是对这一问题的详细解答：
一、理赔依据
交强险与商业三者险：
- 根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十一条的规定，被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失的，由保险公司依法在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内予以赔偿。
- 商业三者险也有类似的赔付条件，即投保人、被保险人及其允许的驾驶人，在驾驶该车过程中发生交通事故造成第三者损害的，保险公司应当赔偿该三者损失。
合法驾驶人：
- 在这个案例中，妻子作为车主，丈夫作为她允许的合法驾驶人（假设丈夫持有合法驾照），在驾驶过程中发生事故，只要丈夫不具有酒驾、毒驾等拒赔情形，保险公司就应当承担相应的赔偿责任。
二、免赔情形
保险公司不予赔偿的情况在《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条中有明确的规定，主要包括：
- 驾驶人未取得驾驶资格或者醉酒的；
- 被保险机动车被盗抢期间肇事的；
- 被保险人故意制造道路交通事故的。
在上述任何一种情况下，如果发生道路交通事故并造成受害人的财产损失，保险公司将不承担赔偿责任。
三、理赔流程与注意事项
报案与定损：
- 发生事故后，应及时向保险公司报案，并按照保险公司的要求提供相关的事故证明和损失证明。
- 保险公司会进行定损评估，确定损失金额。
理赔材料：
- 在递交理赔材料时，需要注意提供车主（即妻子）的银行卡信息，因为理赔款项通常会打入投保人的银行卡内。
了解保险条款：
- 车主应仔细了解所购买的保险险种和条款，明确各险种的理赔范畴和限制条件。
- 例如，车损险负责车辆自身的维修理赔，第三者责任险负责对被撞的第三方的赔偿等。
综上所述，当车辆登记在妻子名下，但由丈夫驾驶并发生事故时，只要事故不属于保险公司的免赔情形，且丈夫具有合法的驾驶资格，保险公司是会进行理赔的。但在理赔过程中，车主和驾驶人应积极配合保险公司的工作，提供必要的证明和材料。