运管拿两年之内订单扣车是否合法，需根据具体情况分析。

一. 合法性分析

1. 运管部门的执法权限：运管部门作为交通运输管理机关，有权对涉嫌违法违规的运输车辆进行查处。然而，其执法行为必须严格遵循法律法规，并确保程序合法。

2. 扣车的法律依据：根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，运管部门在查处违法违规运输行为时，若认为有必要，可以依法采取暂扣车辆等行政强制措施。但这需要满足一定的条件，如车辆确实存在违法违规行为，且扣车是出于调查取证、防止证据灭失等正当目的。

3. 两年之内订单的问题：运管部门拿两年之内的订单作为扣车的依据，关键在于这些订单是否确实反映了车辆的违法违规行为。如果订单确实证明了车辆存在违法事实，且扣车行为符合法定程序，那么扣车就是合法的。反之，如果订单不能充分证明违法事实，或者扣车程序存在瑕疵，那么扣车行为就可能构成违法。

二. 结论与建议

• 结论：因此，运管拿两年之内订单扣车是否合法，并不能一概而论，而需要根据具体情况进行判断。关键在于订单是否真实反映了车辆的违法违规行为，以及扣车行为是否符合法定程序。

• 建议：如果您认为运管部门的扣车行为存在不当之处，您可以依法向相关部门提出申诉或行政复议，以维护自己的合法权益。同时，也建议您在日后运营过程中严格遵守相关法律法规，确保运输行为的合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。