摩托车在高速行驶时，主要由公安交警部门管辖。以下是具体的解释和分析：

1. 管辖部门：

   • 摩托车作为机动车，其管理主要归属于公安交警部门。无论是摩托车的注册登记、驾驶证的发放，还是道路行驶的管理，都是由公安交警部门负责的。
   • 在某些地区，交通局也可能参与摩托车的管理，但主要是从交通规划、道路建设等宏观角度进行，而具体的执法和管理工作还是由公安交警部门承担。

2. 高速行驶的特别规定：

   • 虽然摩托车可以在高速公路上行驶，但需要遵守特定的规定，如行驶速度、车道选择等。
   • 《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第四十四条规定，摩托车应当在最右侧车道行驶，并按照标明的行驶速度行驶。这体现了对摩托车在高速公路上行驶的特殊管理要求。

3. 管辖权的明确：

   • 无论是城市道路还是高速公路，摩托车的行驶和管理都主要由公安交警部门负责。
   • 如果摩托车在高速行驶过程中发生违法行为或交通事故，处理这些事务的也将是公安交警部门。

综上所述，摩托车在高速行驶时，其管辖部门主要是公安交警部门。他们负责摩托车的注册登记、驾驶证的发放、道路行驶的管理以及违法行为的处理等。因此，如果摩托车在高速行驶过程中遇到任何问题或需要咨询，可以直接向公安交警部门寻求帮助或咨询。