在房产独家代理协议合同中，中介写明买卖关系成交后付百分之二的佣金，这通常是基于以下几个原因和考虑：

1. 行业惯例：

   • 在房地产中介行业中，收取一定比例的佣金作为服务费用是普遍的做法。百分之二这个比例，可能是该地区或该中介公司的标准佣金率，或者是根据市场情况、服务内容等因素综合确定的。

2. 服务对价：

   • 中介公司提供房产信息、带看房源、协助谈判、办理过户等一系列服务，这些服务需要付出人力、物力和时间成本。佣金是中介公司获取服务对价的主要方式，也是其维持运营和盈利的重要来源。

3. 激励与约束：

   • 通过设定佣金比例，可以激励中介人员更加积极地为客户提供服务，促成交易。同时，佣金也作为一种约束，要求中介人员在提供服务时必须遵守合同约定，确保交易的真实性和合法性。

4. 风险分担：

   • 在房产交易中，中介公司也承担着一定的风险，如客户违约、交易失败等。佣金作为一种风险分担机制，可以在一定程度上弥补中介公司因交易风险而产生的损失。

5. 合同约定：

   • 最重要的是，佣金比例和支付方式通常会在独家代理协议合同中明确约定。这是双方自愿协商的结果，也是法律上认可的有效条款。只要合同内容合法、有效，且双方均无异议，那么按照合同约定支付佣金就是合法且合理的。

综上所述，中介在房产独家代理协议合同中写明买卖关系成交后付百分之二的佣金，是基于行业惯例、服务对价、激励与约束、风险分担以及合同约定等多重因素的综合考虑。如果你对佣金比例或支付方式有异议，建议在签订合同前与中介公司进行充分协商，并在合同中明确约定双方的权利和义务。