医疗器械生产企业处理一起严重不良事件，应当立即采取控制措施，并按规定向相关部门报告，同时配合调查处理。具体处理流程如下：

一. 立即采取控制措施

1. 控制事件影响：医疗器械生产企业发现其生产的医疗器械发生严重不良事件后，应当立即对涉事医疗器械进行控制，包括停止生产、销售、使用等，以防止事态进一步扩大。
2. 召回问题产品：如果确定该医疗器械存在安全隐患，企业应当立即启动召回程序，按照相关规定和程序对涉事医疗器械进行召回，并妥善处理召回产品。

二. 按规定报告

1. 向药品监督管理部门报告：根据《医疗器械监督管理条例》等相关法律法规，医疗器械生产企业应当在发现严重不良事件后，及时（如24小时内）向所在地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门报告。报告内容应当包括医疗器械不良事件情况、涉事产品信息等。
2. 向相关部门通报：必要时，企业还应当向卫生健康主管部门等有关部门通报，以便相关部门及时了解情况并采取相应措施。

三. 配合调查处理

1. 提供相关资料：医疗器械生产企业应当积极配合药品监督管理部门的调查，提供与严重不良事件相关的所有资料，包括生产记录、检验报告、销售记录等。
2. 分析原因并整改：企业应当对严重不良事件进行深入分析，查找原因，并采取有效措施进行整改，以防止类似事件再次发生。同时，企业还应当将整改情况报告给药品监督管理部门。

四. 法律后果与责任

1. 可能面临的处罚：如果医疗器械生产企业未按规定处理严重不良事件，可能会面临药品监督管理部门的处罚，包括警告、罚款、吊销生产许可证等。
2. 民事赔偿责任：如果因医疗器械严重不良事件给患者造成损害，企业还应当依法承担民事赔偿责任。

我建议：医疗器械生产企业在处理严重不良事件时，应当高度重视，迅速响应，严格按照相关法律法规和程序进行操作。同时，企业还应当加强内部管理，提高产品质量和安全意识，确保类似事件不再发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。