当小三已将钱归还给原配，但原配仍然持续闹事时，小三可以采取以下措施来应对：
明确告知并出示证据：
- 小三可以明确告知原配，钱款已经归还，并出示相关的还款证据，如转账记录、收条等，以证明双方之间在金钱方面已经没有纠葛。
- 同时，可以明确警告原配，继续闹事属于无理取闹行为，可能会承担法律责任。
避免冲突，保持距离：
- 小三应避免与原配发生正面冲突，尽量保持距离，以减少不必要的麻烦。
- 如果原配的行为有骚扰性质，例如频繁到居住或工作场所纠缠，小三可以选择换个环境躲避，并注意收集其骚扰的证据，如视频、证人证言等。
寻求法律保护：
- 如果原配的行为已经严重影响到小三的正常生活、工作或人身安全，小三可以考虑寻求法律帮助。
- 若原配存在威胁、侮辱、诽谤等行为，小三可以向公安机关报案，情节严重的可能构成刑事犯罪。
- 若是一般的民事侵权行为，如侵犯隐私等，小三可以向法院提起民事诉讼，要求原配停止侵权、消除影响、赔礼道歉并赔偿损失。
保留证据，备查备用：
- 在整个过程中，小三应保留所有与原配沟通的记录、还款证据以及原配闹事的证据，以备不时之需。
- 这些证据在后续可能的法律程序中，将起到至关重要的作用。
综上所述，当小三已将钱归还给原配但原配仍然闹事时，小三应明确告知并出示证据，避免冲突并保持距离，同时在必要时寻求法律保护。在整个过程中，保留好所有相关证据是至关重要的。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。