关于农田打井毁农作物如何赔偿的问题，以下是一些详细的解答和建议：
赔偿标准
实际损失补偿：
- 首先应考虑因打井行为导致的农作物直接经济损失，比如农作物减产或绝收所对应的收入损失。这部分损失应根据农作物的预期产量和当前市场价格来计算。
重置成本法：
- 如果水井需要重建或修复，应计算相关的重置成本，包括材料费、人工费等。例如，重新打井的费用、水泵更换费用等都需要纳入赔偿范围。
土地价值影响评估：
- 水井的损毁可能对土地的生产能力造成长期影响，因此需要通过专业机构评估其对土地价值的降低程度，并据此确定相应的补偿金额。
政府指导价或地方政策参考：
- 部分地区可能已经出台了关于农田设施损坏的补偿标准文件，可以直接参照这些标准执行。如果没有明确规定，则需要结合当地的经济水平，通过协商确定合理的赔偿数额。
赔偿程序
损失申报与证据固定：
- 受损方应及时向责任方提交书面的索赔申请，并附上现场照片、维修报价单、产量记录等相关证据材料。为了确保证据的真实性和有效性，建议采用公证方式保存原始数据。
第三方鉴定介入：
- 可以委托具备资质的评估机构对损失进行量化分析，并出具具有法律效力的鉴定报告。这份报告将成为后续协商和谈判的核心依据。
协商调解机制：
- 在赔偿过程中，建议通过村委会、乡镇司法所等基层组织进行调解，以便在平等自愿的基础上达成赔偿协议，避免直接进入诉讼程序。
法律救济途径：
- 如果协商未果，受损方可以向人民法院提起民事诉讼，要求侵权人承担恢复原状、赔偿损失等民事责任。在此过程中，需要注意诉讼时效的限制。
法律依据
- 《中华人民共和国民法典》侵权责任编：明确规定侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或其他合理方式计算。这为农田打井毁农作物的赔偿提供了法律依据。
- 《土地管理法》相关条款：涉及农用地附属设施的保护义务，为农田井作为农业生产资料获得赔偿提供了法理支撑。
- 地方性法规及政策文件：各地根据实际情况制定的农田水利设施保护条例等文件，可能包含具体的补偿标准和操作流程。在处理赔偿问题时，应参照这些规定执行。
综上所述，农田打井毁农作物的赔偿问题涉及多个方面，包括赔偿标准、赔偿程序以及法律依据等。在处理此类问题时，应充分考虑受损方的实际损失和合理诉求，并依据相关法律法规和政策文件进行妥善处理。