父亲和儿子各存50万，在最新的银行存款规定下，他们的存款是各自独立的，且均受到存款保险制度的保护。以下是对此问题的详细分析：
一. 存款的独立性
根据一般的财产法原则，除非有明确的约定或者法律规定，否则父子之间的存款并不当然构成共有财产。在大多数情况下，各自名下的存款归各自所有。因此，父亲和儿子各存50万，这两笔存款在法律上是独立的，分别属于父亲和儿子所有。
二. 存款保险制度的保护
存款保险限额：在中国，根据银行存款保险制度，每个人在同一家银行的存款总额不超过50万元人民币时，可以享受银行存款保险。这意味着，无论是父亲还是儿子，他们各自在同一家银行的50万存款都是受到存款保险制度保护的。
保险范围：存款保险制度主要保障存款本金的安全，不包括利息。因此，如果父亲或儿子的存款本金不超过50万，那么他们的存款本金在银行出现风险时是可以得到赔偿的。但需要注意的是，利息部分并不在存款保险的保障范围内。
三. 建议与注意事项
分散风险：虽然存款保险制度为存款提供了一定的保障，但为了进一步分散风险，我建议将存款分散到不同的银行账户中。这样即使某一家银行出现问题，也不会影响到所有的存款。
关注银行信誉：在选择存款银行时，除了考虑存款利率外，还应关注银行的信誉度和风险控制能力。选择信誉良好、风险控制能力强的银行可以进一步提高存款的安全性。
合理规划存款：对于大额存款，建议根据自身的资金需求和风险承受能力来合理规划存款期限和存款方式。例如，可以考虑将一部分资金存入活期账户以保证流动性，另一部分资金则存入定期账户以获取更高的利息收入。
综上所述，父亲和儿子各存50万是各自独立的存款行为，均受到存款保险制度的保护。但为了进一步保障资金安全并分散风险，建议采取合理的存款策略并关注银行的信誉度。如有进一步需要，您可以继续咨询我。