自然人做居间租赁，行政部门是允许的。具体分析如下：

1. 法律依据：在我国，没有明确的法律条文禁止自然人从事居间租赁活动。居间租赁，即中介服务的一种，主要是为租赁双方提供信息、促成交易。自然人只要依法进行登记注册（如个体工商户），并遵守相关法律法规，就可以从事居间租赁业务。

2. 行政规定：行政部门对居间租赁业务的管理，主要是关注其是否合法、合规经营，是否侵害了消费者权益等。对于自然人从事居间租赁，只要其按照相关规定办理登记，遵守税收、合同、消费者权益保护等方面的法律法规，行政部门就不会进行限制或禁止。

3. 实际操作：在实际操作中，自然人从事居间租赁业务非常普遍，如房产中介、汽车租赁中介等。这些自然人通过提供信息、咨询服务，促成租赁双方达成交易，并收取一定的佣金或服务费。只要他们的行为符合法律法规，行政部门就会给予支持和保护。

综上所述，自然人做居间租赁是行政部门允许的，但前提是必须遵守相关法律法规，确保合法、合规经营。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。