非法经营罪涉案资金的处理是一个严谨且依法进行的过程，旨在确保法律的公正执行，同时保障当事人的合法权益。以下是关于非法经营罪涉案资金处理的详细解答：
一、涉案资金的初步处理
当司法机关发现涉嫌非法经营的犯罪行为时，会立即对涉案资金采取查封、扣押、冻结等侦查措施。这些措施的目的是保证资金的安全，防止资金被转移或隐匿，并确保后续能够追溯资金的来源和去向。
二、资金性质的甄别
在侦查过程中，司法机关会对涉案资金进行细致的甄别，以确定哪些资金是违法所得，哪些是与案件无关的合法资金。这一步骤对于后续的资金处理至关重要，因为它直接关系到资金的最终去向。
三、违法所得的处理
追缴与退赔：对于犯罪分子通过非法经营获得的违法所得，司法机关会启动追缴程序，将这些资金追回。若无法追缴，会责令犯罪分子进行退赔。追缴和退赔的目的是让违法者无法从犯罪行为中获利，同时弥补受害者的损失。
上缴国库或返还被害人：追缴或退赔的违法所得资金，最终会根据法院的判决进行处理。一部分资金可能会上缴国库，作为国家的收入；另一部分资金则会返还给因非法经营行为而遭受损失的被害人，以弥补他们的经济损失。
四、合法资金的处理
对于与案件无关的合法资金，司法机关在甄别确认后，会及时返还给权利人。这一步骤旨在保护合法财产权益，确保无辜者的资金不受牵连。
五、供犯罪所用财物的处理
除了资金外，实施非法经营犯罪行为时使用的本人财物，如作案工具、设备等，以及涉及的违禁物品，都会被依法没收。这些物品可能对社会秩序、公共安全等造成危害，因此必须予以收缴。
六、法律程序的保障
在整个涉案资金处理过程中，司法机关会严格遵循法定程序，确保每一步都符合法律要求。同时，也会充分保障当事人的合法权益，如提供申诉、辩护等机会，确保处理的公正性和合理性。
综上所述，非法经营罪涉案资金的处理是一个复杂而严谨的过程，涉及多个环节和多个法律主体。司法机关会依法对涉案资金进行甄别、追缴、退赔、返还等处理，以确保法律的公正执行和当事人的合法权益得到保障。