“赔付患者1万元，已扣除医药费5000元”这句话的意思是，在处理医疗纠纷或赔偿事宜时，赔偿方同意向患者支付1万元作为赔偿，但这1万元中已经扣除了患者先前因医疗行为产生的5000元医药费用。换句话说，患者实际获得的赔偿金额是1万元，但这1万元是包含了已经产生的5000元医药费的，所以患者最终额外获得的赔偿是5000元。

这里有几个关键点需要明确：

1. 赔偿总额：赔偿方同意支付的总金额是1万元。
2. 已扣除费用：这1万元中已经包含了患者之前因医疗行为产生的5000元医药费。
3. 实际获得：患者实际额外获得的赔偿金额是5000元（即1万元-5000元医药费）。

在处理此类医疗赔偿问题时，通常会考虑到患者因医疗行为产生的直接经济损失，包括医药费、住院费、护理费等。因此，在确定赔偿金额时，可能会将这些费用从总赔偿额中扣除，以确保赔偿的公平性和合理性。

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