在工程挂靠协议中约定退还进项税款是一个相对复杂且需要谨慎处理的问题。以下是一些建议，以帮助您更清晰、详细、有深度地理解和约定这一条款：
一、明确退还进项税款的条件
首先，您需要在协议中明确哪些情况下需要退还进项税款。这可能包括但不限于以下几种情况：
- 工程未成功完成：如果由于某种原因工程未能按照协议完成，那么已经支付的进项税款应该如何处理。
- 协议提前终止：如果双方协商一致或者由于某方违约导致协议提前终止，进项税款的退还方式应如何约定。
- 税款计算错误：如果在实际操作中发现之前计算的进项税款有误，应如何进行调整和退还。
二、约定退还进项税款的具体方式
在明确了退还条件后，接下来需要约定具体的退还方式。这可能包括：
- 退还时间：明确在何种时间节点下需要退还进项税款，比如工程结束后、协议终止后的某个具体日期等。
- 退还方式：是通过银行转账、现金支付还是其他方式退还税款。
- 退还金额：明确需要退还的税款金额，包括是否包含利息、是否需要扣除某些费用等。
三、违约责任与争议解决
为了确保协议的有效性，您还需要在协议中约定违约责任和争议解决方式：
- 违约责任：明确如果某方未能按照协议约定退还进项税款，应承担何种违约责任，比如支付违约金、赔偿损失等。
- 争议解决：约定在发生争议时，双方应如何协商解决。如果协商不成，是否可以通过诉讼、仲裁等方式解决争议。
四、其他注意事项
- 合法合规：确保协议内容符合相关法律法规的规定，特别是税收法律法规的要求。
- 明确清晰：协议中的条款应尽可能明确清晰，避免使用模糊或含糊不清的表述。
- 双方确认：在签订协议前，双方应充分沟通并确认协议内容，确保双方对条款的理解一致。
综上所述，在工程挂靠协议中约定退还进项税款时，您需要明确退还条件、具体方式、违约责任与争议解决方式，并注意合法合规、明确清晰和双方确认等事项。这样才能确保协议的合法性和有效性，保护双方的合法权益。