关于您提出的“公司的甲方不合作怎么赔偿”的问题，这主要涉及到合同纠纷的赔偿问题。以下是我根据您的咨询内容，结合相关法律法规和实务经验，给出的详细解答：
首先，明确结论：
甲方不合作时，赔偿的具体方式和数额需根据双方合同的约定以及实际损失情况来确定。如果合同中有明确的违约条款和赔偿方式，应按照合同约定执行；如果合同没有明确规定，则需要根据实际损失进行赔偿。
接下来，分类讨论：
合同中有明确违约条款：
- 如果合同中明确规定了甲方不合作时的违约责任和赔偿方式，那么当甲方不合作时，您可以直接依据合同条款要求甲方进行赔偿。
- 赔偿可能包括违约金、实际损失赔偿、预期利益损失赔偿等，具体需根据合同条款来确定。
合同中没有明确违约条款：
- 在这种情况下，当甲方不合作时，您需要首先证明甲方的行为构成了违约，并且给您造成了实际损失。
- 赔偿的数额通常根据您因甲方违约而遭受的实际损失来确定，包括直接损失和间接损失。
- 如果无法直接计算损失数额，可能需要通过评估、鉴定等方式来确定。
此外，还需注意以下几点：
- 证据收集：无论是依据合同条款要求赔偿，还是根据实际损失要求赔偿，都需要您提供充分的证据来支持您的主张。因此，在甲方不合作时，您应及时收集相关证据，如合同文本、交易记录、沟通记录、损失证明等。
- 协商与调解：在要求赔偿之前，您可以尝试与甲方进行协商和调解，看是否能够达成和解，避免不必要的诉讼纠纷。
- 诉讼时效：请注意诉讼时效的问题，即您需要在法律规定的期限内提起诉讼或要求赔偿，否则可能会丧失胜诉权。
最后，总结与建议：
当公司的甲方不合作时，您应根据双方合同的约定以及实际损失情况来确定赔偿方式和数额。如果合同中有明确的违约条款，应直接依据合同条款要求赔偿；如果合同没有明确规定，则需要根据实际损失进行赔偿。在此过程中，务必注意证据的收集和保存，并尝试通过协商和调解来解决纠纷。如有需要，您可以随时向我咨询具体的法律问题和解决方案。